发表在《Frontiers of Agricultural Science and Engineering》期刊上的一项研究发现，水产养殖的温室气体排放主要来自四个环节：饲料生产、养殖过程中的能源消耗、池塘或水体中的生物化学过程（如甲烷和氧化亚氮的释放），以及土地利用变化和基础设施建设。其中饲料生产是大多数投饵型养殖系统中最大的排放源，在我国的研究中占比达到 52%。而在我国等以淡水池塘养殖为主的地区，甲烷排放尤为突出，贡献了约 90% 的养殖系统温室气体排放。不同水产养殖物种之间的排放差异显著。例如不依赖投饵的双壳贝类（如牡蛎、蛤蜊）和海藻养殖，排放极低甚至为负值，反而能通过碳固定起到“碳汇”作用。而草食性或杂食性鱼类（如鲤鱼、罗非鱼）在适度养殖强度下排放也相对较低。相比之下，集约化养殖的肉食性鱼类（如鲑鱼、鳟鱼）和虾类由于饲料和能源需求高，碳排放强度显著上升，部分甚至与陆地畜牧业相当。