根据发表在《Nature Communications》期刊上的一项研究，科学家发现常饮用含咖啡因和不含咖啡因的咖啡会影响肠道菌群，从而影响情绪和压力水平。研究人员对比了 31 名常饮用咖啡者和 31 名不喝咖啡者。常饮用咖啡者指的是每天饮用 3-5 杯咖啡的人。实验开始时，咖啡饮用者停止饮用咖啡两周。在此期间，研究人员持续收集生物样本监测心理健康状况。实验期间参与者并不知道自己饮用的是含咖啡因的咖啡还是不含咖啡因的咖啡。一半参与者饮用不含咖啡因的咖啡，另一半饮用普通咖啡。参与者都报告情绪有所改善，这一结果显示即使不含咖啡因咖啡也能改善情绪。研究还发现常饮用咖啡者有更高的埃格特菌属（Eggertella sp.）和短隐杆菌（Cryptobacterium curtum），更多的厚壁菌门（Firmicutes）。只有摄入不含咖啡因的人才表现出学习和记忆力的提升，而只有摄入咖啡因的参与者才体验到焦虑减轻以及注意力和警觉性提高。